Thành lập từ năm 1957, NXBGD hoạt động dưới hìnhthức một doanh nghiệp quốc gia với nhiệm vụ làm kế hoạch xuất bản của Bộ Giáo dục và tổ chức in, phát hành sách báo của Bộ Giáo dục. Năm 2003, trong tiến trình đổi mới chung của nhà nước, căn cứ vào tầm vóc mô hình và năng lực hoạt động, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định 102/2003 giao cho NXBGD thí điểm chuyển đổi sang hoạt động theo mô hình Công ty mẹ - Công ty con. NXBGD đã từng bước triển khai và được đánh giá hoàn thành tốt việc chuyển đổi mô hình. Đây được đánh giá là thời kỳ phát triển mạnh mẽ, chuyển đổi tổ chức hoạt động theo mô hình mới. 3 năm sau khi có Quyết định của Thủ tướng (8/2006), NXBGD đã hình thành mô hình hoạt động công ty mẹ - công ty con, với tổng cộng 21 đơn vị, trong đó có 7 đơn vị thuộc Công ty mẹ và 14 đơn vị thuộc Công ty con.

Đến tháng 12/2008, 5 năm sau khi có Quyết định của Thủ tướng, hệ thống NXBGD đã có tổng cộng 44 đơn vị, trong đó 9 đơn vị thuộc Công ty Mẹ (gồm 4 NXBGD tại các miền, 4 tạp chí và 1 Trung tâm nghiên cứu) và 35 đơn vị thuộc Công ty Con, ngoài ra còn có 12 công ty liên kết, hoạt động kinh doanh đa ngành và một ngành chủ chốt. Xuất bản Sách giáo dục là hoạt động chủ yếu và đặc thù của NXBGD, ngoài ra còn hoạt động chuyên nghiệp trong ngành In với 5 công ty In được trang bị hiện đại; có 25 đơn vị làm nhiệm vụ phát hành đóng ở các địa phương trên toàn quốc; 8 đơn vị thực hiện chức năng làm các sản phẩm học liệu giáo dục và thiết bị trường học.

Cho đến nay, hoạt động của các đơn vị trực thuộc Doanh nghiệp NXBGD đã có mặt trên phạm vi cả nước, quan hệ hợp tác với các quốc gia trong khu vực và trên thế giới như: NXBGD Bắc Kinh, Cộng hòa Liên bang Nga, Singapore, Thái Lan, Cộng hòa Pháp, Cộng hòa Liên bang Đức, v.v..., mở rộng hợp tác đầu tư phục vụ cho việc dạy và học của cộng đồng người Việt ở nước ngoài.

Trong giai đoạn đổi mới tiếp theo, với tên gọi mới, NXB Giáo dục Việt Nam sẽ tiếp tục khẳng định thương hiệu đã có, đồng thời củng cố và xây dựng thương hiệu mới nhằm nâng cao vị thế của mình trong quan hệ với đối tác trong và ngoài nước, đặc biệt trong quan hệ quốc tế.