Đối với nhiều người, 'trường học mới VNEN' là một khái niệm còn khá xa lạ, mơ hồ; bởi lâu nay, nền giáo dục Việt Nam chỉ quen thuộc với một mô hình duy nhất: giáo viên là người truyền thụ cho học sinh. Hình ảnh lớp học với vài chục học sinh ngồi cùng nhìn lên bục bảng, nơi mà thầy cô giảng giải kiến thức cho các em đã đi vào tâm trí của nhiều thế hệ. Chính vì thế, sự xuất hiện của mô hình trường học mới VNEN được xem là 'sự kiện lạ' với nhiều người, bao gồm cả người dạy, người học và phụ huynh.

Theo mô hình VNEN, trong mỗi lớp học, học sinh ngồi học theo từng nhóm. Sau khi được giáo viên ra đề bài, các em tự nghiên cứu, sau đó thảo luận với nhau để tìm câu trả lời, rồi thuyết trình trước lớp. Giáo viên đóng vai trò hướng dẫn, giám sát và kịp thời hỗ trợ học trò khi các em gặp khó khăn hoặc hiểu chưa đúng vấn đề. Sự phản biện, tranh luận bắt đầu xuất hiện, phá vỡ phương pháp giáo dục một chiều thầy đọc - trò chép. Giáo viên không còn là trung tâm của lớp học, thay vào đó, hoạt động của học sinh trở thành chủ thể của hoạt động giáo dục.

Sự xuất hiện của VNEN đã tác động căn bản tới hoạt động dạy và học của mỗi nhà trường, làm thay đổi cách dạy, cách học truyền thống, cách kiểm tra đánh giá đối với học sinh, cách thức quản lý của mỗi nhà trường. Từ 48 lớp học được thí điểm, sau 4 năm thực hiện, trường học mới VNEN đã được triển khai tại 5.000 trường học trên cả nước. Nhưng sau một thời gian triển khai, từ năm học 2017 - 2018, một số tỉnh, thành đã quyết định dừng áp dụng mô hình này.